פלגי מוצקין מבצעת בדיקות רבות על פי דרישות והנחיות משרד הבריאות. בצנרת המים מבצעים בדיקות בקטריאליות, עכירות, מתכות, ריכוז כלור נותר ופלואור. בבארות ובחיבורי מקורות מבצעים בדיקות בקטריאליות, כלור ופלואור.
בבארות המים מבצעים בדיקות מורכבות הבודקות הימצאות חומרים אנאורגאניים, חומרים אורגניים נדיפים, מיקרו מזהמים מקבוצת חומרי הדברה, חומרים בעלי השפעה אורגנופלטית (טעם, ריח, וכו'). מדי שלושה חודשים מתפרסמות תוצאות הבדיקות בדו"ח איכות המים בעיתונים ובאתר האינטרנט של פלגי מוצקין. אחת לשנה נשלח לבתי תושבי קרית מוצקין דו"ח איכות מים שנתי.
